离线安装r包问题

zhushengm

MRCIEU/TwoSampleMR依赖MendelianRandomization
MendelianRandomization依赖iterpc
iterpc依赖arrangements
下载arrangements包安装提示

1. > install.packages("~/下载/arrangements_1.1.9.tar.gz", repos = NULL, type = "source", lib="/usr/lib/R/library")
   
2. * installing *source* package ‘arrangements’ ...
   
3. ** 成功将‘arrangements’程序包解包并MD5和检查
   
4. ** using staged installation
   
5. ** libs
   
6. gcc -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -ffile-prefix-map=/build/r-base-wZDgjM/r-base-4.2.2.20221110=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2  -c arrangements.c -o arrangements.o
   
7. In file included from /usr/share/R/include/R.h:44,
   
8.                  from arrangements.c:2:
   
9. /usr/include/stdlib.h:32:10: fatal error: stddef.h: 没有那个文件或目录
   
10.    32 | #include <stddef.h>
    
11.       |          ^~~~~~~~~~
    
12. compilation terminated.
    
13. make: *** [/usr/lib/R/etc/Makeconf:169：arrangements.o] 错误 1
    
14. ERROR: compilation failed for package ‘arrangements’
    
15. * removing ‘/usr/lib/R/library/arrangements’
    
16. Warning in install.packages :
    
17.   安装程序包‘/root/下载/arrangements_1.1.9.tar.gz’时退出狀態的值不是0

复制代码

zhushengm

问题2
MRCIEU/TwoSampleMR依赖meta
离线安装meta

1. install.packages("~/下载/meta_6.5-0.tar.gz", repos = NULL, type = "source", lib="/usr/lib/R/library")
   
2. * installing *source* package ‘meta’ ...
   
3. ** 成功将‘meta’程序包解包并MD5和检查
   
4. ** using staged installation
   
5. ** R
   
6. ** data
   
7. ** inst
   
8. ** byte-compile and prepare package for lazy loading
   
9. Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
   
10.   无法载入共享目标对象‘/usr/lib/R/site-library/nloptr/libs/nloptr.so’：:
    
11.   libnlopt.so.0: 无法打开共享对象文件: 没有那个文件或目录
    
12. Calls: <Anonymous> ... asNamespace -> loadNamespace -> library.dynam -> dyn.load
    
13. 停止执行
    
14. ERROR: lazy loading failed for package ‘meta’
    
15. * removing ‘/usr/lib/R/library/meta’
    
16. Warning in install.packages :
    
17.   安装程序包‘/root/下载/meta_6.5-0.tar.gz’时退出狀態的值不是0
    
18. >

复制代码

cgrgne

meta源里不是有吗？源里有的安装容易。
源里没有要编译的不太容易，有个朋友在win下编译也同样困难。
这样摸索要走很多弯路。找论坛里的小李或者冷月嫣然可能很快就弄好，不过问题是这软件好像需要用到的人不多？

泡泡堂

2楼的问题是你不听劝

泡泡堂

zhushengm 发表于 2023-9-12 23:29
问题2
MRCIEU/TwoSampleMR依赖meta
离线安装meta

法载入共享目标对象‘/usr/lib/R/site-library/nloptr/libs/nloptr.so’：:
  libnlopt.so.0: 无法打开共享对象文件: 没有那个文件或目录

http://www.lucky8k.com/thread-134606-1-1.html
就是这个帖子的包你未安装全。
安装全不会有这提示。