离线安装r包问题
MRCIEU/TwoSampleMR依赖MendelianRandomizationMendelianRandomization依赖iterpc
iterpc依赖arrangements
下载arrangements包安装提示
> install.packages("~/下载/arrangements_1.1.9.tar.gz", repos = NULL, type = "source", lib="/usr/lib/R/library")
* installing *source* package ‘arrangements’ ...
** 成功将‘arrangements’程序包解包并MD5和检查
** using staged installation
** libs
gcc -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -fpic-g -O2 -ffile-prefix-map=/build/r-base-wZDgjM/r-base-4.2.2.20221110=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2-c arrangements.c -o arrangements.o
In file included from /usr/share/R/include/R.h:44,
from arrangements.c:2:
/usr/include/stdlib.h:32:10: fatal error: stddef.h: 没有那个文件或目录
32 | #include <stddef.h>
| ^~~~~~~~~~
compilation terminated.
make: *** 错误 1
ERROR: compilation failed for package ‘arrangements’
* removing ‘/usr/lib/R/library/arrangements’
Warning in install.packages :
安装程序包‘/root/下载/arrangements_1.1.9.tar.gz’时退出狀態的值不是0 问题2
MRCIEU/TwoSampleMR依赖meta
离线安装meta
install.packages("~/下载/meta_6.5-0.tar.gz", repos = NULL, type = "source", lib="/usr/lib/R/library")
* installing *source* package ‘meta’ ...
** 成功将‘meta’程序包解包并MD5和检查
** using staged installation
** R
** data
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
无法载入共享目标对象‘/usr/lib/R/site-library/nloptr/libs/nloptr.so’：:
libnlopt.so.0: 无法打开共享对象文件: 没有那个文件或目录
Calls: <Anonymous> ... asNamespace -> loadNamespace -> library.dynam -> dyn.load
停止执行
ERROR: lazy loading failed for package ‘meta’
* removing ‘/usr/lib/R/library/meta’
Warning in install.packages :
安装程序包‘/root/下载/meta_6.5-0.tar.gz’时退出狀態的值不是0
> meta源里不是有吗？源里有的安装容易。
源里没有要编译的不太容易，有个朋友在win下编译也同样困难。
这样摸索要走很多弯路。找论坛里的小李或者冷月嫣然可能很快就弄好，不过问题是这软件好像需要用到的人不多？ 2楼的问题是你不听劝 zhushengm 发表于 2023-9-12 23:29
问题2
MRCIEU/TwoSampleMR依赖meta
离线安装meta
法载入共享目标对象‘/usr/lib/R/site-library/nloptr/libs/nloptr.so’：:
libnlopt.so.0: 无法打开共享对象文件: 没有那个文件或目录
http://www.lucky8k.com/thread-134606-1-1.html
就是这个帖子的包你未安装全。
安装全不会有这提示。
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